Небольшой остров Столобный, освященный молитвами, трудами и духовными подвигами Преподобного Нила, стал местом вечного упокоения старца-отшельника. Этот остров притягивал к себе ищущих спасения, приходивших сюда как из ближних, так и из отдаленных мест. Некоторые проживали на острове, вблизи могилы Нила, месяцами и даже годами. Одним из таких паломников был иеромонах Герман из братии Николо – Рожковского монастыря.

Время его рождения предположительно относят к первой половине XVI столетия. Достоверно известно, что, живя близ пустыни, он лично ни в детстве, ни в юности не встречался с преподобным Нилом. Неизвестно, по благословению ли родителей, или уже после их смерти пришел преподобный Герман в Николо – Рожковский монастырь. Слушал молодой послушник рассказы старожилов, и устремлялось сердце его на остров Столобное, в пустынную келью. Но до поры до времени не давал игумен благословения: непосилен такой подвиг ля новоначального. Здесь, среди братии, должен был обучиться он истинному смирению, послушанию, принести монашеские обеты целомудрия и нестяжания, посвятить жизнь свою Господу. Неизвестно, сколько времени оставался он послушником, но в конце концов принял постриг с именем Герман и был рукоположен сначала в иеродиакона, а затем и в иеромонаха. Герман глубоко почитал Нила Столобенского и питал к нему великое благоговение и любовь. В дальнейшем, он составил житие ила по рассказам других, в том числе прародителей своих, видимо, отличавшихся истинным благочестием и передавших внуку свою любовь к столобенскому отшельнику.

Как пишет Владимир Успенский: « Поэтому он не раз посещал Столбный остров, как для того, чтобы ближе насладиться мысленным общением с Преподобным, почивающим здесь, так и для того, чтобы слышанное им о Преподобном поверять и пополнять на месте свидетельствами разных лиц из благоговения к памяти Угодника Божия, приходивших на остров их окрестных и дальних сторон». Здесь он всегда находил поклонников и из монахов, и из мирян, и некоторые из них даже проживали на острове по нескольку времени. В одно из таких посещений Герман встретил живущего здесь игумена Антония, инока одного из Новгородских монастырей. Они вместе прожили на острове три года, обновили над могилой Нила часовню, устроили поверх могилы гробницу и покрыли ее покровом. В это время у могилы Нила Столобенского многократно совершались чудеса, при которых получали исцеления одержимые злыми духами и тяжело больные, наказывались святотатцы. Шли годы, и число паломников на остров Столбный все росло. Поэтому преподобный Герман « возымел желание» построить на острове храм.

В 1591 – 94 гг., по благословению Новгородского Митрополита Александра, была построена деревянная церковь во имя Богоявления Господня с приделом Василия Блаженного, Христа ради юродивого, Московского чудотворца. Церковь стояла в отдельном месте от часовни, стоящей ад могилой Нила. Возведение храма привело к тому, что некоторые из проживавших здесь и вновь пришедших богомольцев пожелали остаться здесь на постоянное место жительства, чтобы жить по монашескому чину и начали строить себе деревянные кельи. Это побудило преподобного Германа подать прошение Патриарху Московскому и всея Руси Иову об открытии на острове иноческой обители с уставом общежительным по чину древних палестинских монастырей.

Обитель была открыта по грамоте Патриарха в 1594 г. , и получила название Нилова Пустынь. А первым настоятелем монастыря стал Преподобный Герман, со званием строителя. Вскоре, а именно в 1595 г., пришли сюда из Тверского Оршина монастыря два инока: Иов и Нифонт, занимавшиеся иконописанием. Со слов старцев, знавших Нила лично, помнивших черты лица его, а доске был написан первый образ Преподобного Нила. Герман продолжает работу по составлению жития Преподобного Нила. Она успешно осуществлена в 1596 – 98 гг. Вот как это было: у Германа давно были собраны и кратко изложены сведения о жизни Преподобного. Но, будучи недовольно искусен в писании, он долго держал их у себя и искал способного к писанию человека. В обитель в 1596 г. Приходит некоторый клирик Митрофан и рассказывает ему о способном к писанию иноку обители Живоначальной Троицы Герасимовой пустыни, Филофее Пирогове, который слышал от странствующих о подвигах преподобного Нила и горел желанием составить житие его, но у него не было достаточно сведений. Герман посылает с этим клириком Филофею свои краткие записки о жизни Преподобного Нила. В 1598 г., будучи в Москве по случаю избрания на царство Бориса Годунова, Герман через игумена Герасимовой пустыни Феоктиста, передает Филофею списки чудес Преподобного, совершившихся по преставлении его. На основании всех полученных сведений, Филофей написал житие Преподобного Нила, стихиры и канон. С этого времени установилось ежегодное местное празднование Преподобному Нилу в день его памяти 7 ( 20 ) декабря.

Жизнь в Ниловой Пустыни была трудная. В начале 17 века настоятель с братией « испытывали много скорбей от неурожая и голода, от опустошения селений от литовцев и шведов». Однако пустынь выстояла, обустроилась. Игумен Герман был рачительным хозяином. Из построек в монастыре было: Богоявленская церковь с колокольней (столб дубовый с пятью малыми колоколами ), часовня Нила, трапезная, шесть келий и житница. Однако своей земли Пустынь в это время не имела. Монастырь был небольшим, число братии – иноков и послушников – невелико, около 12 человек. Германом были приобретены первые богослужебные сосуды, облачения ( в том числе стихарь ) и скарб для братии ( жернова – 2, 3 бочки, братины 4 деревянные, 15 деревянных блюд, 12 ложек, 3 скатерти, сковорода железная, сковорода медная, сосуд оловянный, фонарь слюдяной из жести, лодка ). При Германе начало формироваться и книжное собрание монастыря. Оно состояло из необходимых служебных книг: Евангелия, Апостола, Миней, Псалтирей. Были и особые рукописные книги: Канон Богоявлению, Василию Блаженному, Преподобному Нилу Столобенскому Чудотворцу, Святцы, всего 31 книга. В 1614 г. Появилась первая печатная книга – Служебник. Игумен Герман был также первым историком Ниловой Пустыни. После себя он оставил « Духовную память», в которой подробно рассказал обо всех приобретениях Ниловой Пустыни, перечислил все иконы Богоявленской церкви, надгробной часовни Нила, трапезной палаты. « Духовная память» свидетельствовала, что игумен Герман купил в Осташкове двор, где устроил келью и трапезную. Скорее всего, это было первое монастырское подворье в Осташкове.

Умер Герман 22 февраля (7 марта по новому стилю) 1614 г. Похоронен в Ниловой Пустыни. Причислен к лику местночтимых святых, его имя занесено в Новгородские Пятерики. Первая икона Преподобного Германа была написана в 2005 г. благочинным протоиреем Анатолием Волгиным к открытию церкви Преподобных Нила и Германа Столобенских в деревне Сосница.

День прославления Преподобного Германа Столобенского отмечается 22 февраля (по старому стилю).