Начало XVII века для обители оказалось неблагоприятным. Сперва Россию постигли неурожаи и голод, а затем наступили тяжкие времена царствования Василия Иоанновича Шуйского и междуцарствия. В 1609 — 1610 годах близлежащие к монастырю селигерские земли и сам монастырь подверглись литовскому нашествию и разорению. При кончине первого настоятеля, последовавшей 22 февраля 1614 года, Нилова пустынь от неурожаев и грабежей совершенно не имела средств к существованию. В это время в ней были одна деревянная церковь, часовня с гробницей преподобного Нила, колокольня — «столб дубовый» с пятью малыми колоколами, шесть деревянных келий и житница. Образов в иконостасах было весьма мало, и те без окладов, богослужебные книги в основном рукописные и при этом только самые необходимые, а сосуды церковные — оловянные.

Но почти с самого основания монастыря под руководством настоятеля воспитывался достойный ему преемник, которому и суждено было впоследствии привести обитель в благоустроенное состояние, обеспечив ее содержание на будущее время. Это был незабвенный для монастыря инок Нектарий (Теляшин) — сын одного богобоязненного крестьянина Патриаршей Осташковской слободы. Он родился в 1586 году и еще в детстве поступил в обитель преподобного Нила, где, после двухлетнего обучения чтению, письму, закону Божию и правилам иноческой жизни, в первых годах XVII столетия принял пострижение, а впоследствии и рукоположение в священный сан иеромонаха.

Несмотря на свои молодые годы, иеромонах Нектарий настолько созрел духовно, что по смерти своего наставника и основателя обители — преподобного Германа, мог принять на себя тяжелое бремя управления монастырем. Своими благоразумными распоряжениями, своим умом и благочестивой подвижнической жизнью он обратил на себя и на обитель внимание новгородских архипастырей, боярина князя Б.М. Лыкова, в вотчине которого находился монастырь, и некоторых других знаменитых особ духовных и светских. Среди них были митрополит Ростовский Варлаам II, преп. Дионисий, архимандрит Троице-Сергиевой Лавры, князья А.Н. Трубецкой и Д.М. Пожарский, бояре С.В. Котловский и И.Н. Романов и другие важные лица. Все они оказывали монастырю разного рода благотворения. Митрополит Новгородский Макарий в 1620 году возвел настоятеля о. Нектария в сан игумена, а обитель освободил от взноса церковной дани. Боярин Лыков даровал монастырю соседний остров Городомля и полуостров Святица (ныне Светлица), рыбную ловлю на Селигере, небольшую ругу хлебом, деньгами и церковной утварью и до конца своей жизни всячески покровительствовал монастырю.

Отец Нектарий, снискавший себе всеобщий почет и уважение, обратил на себя особое внимание и Царя Михаила Феодоровича, который благоволил ежегодно отпускать из своих царских доходов в монастырь некоторое количество хлеба, денег и съестных припасов. Эта царская руга была удержана за монастырем во все дальнейшие годы его существования. В 1636 году игумен Нектарий был посвящен в архиерейский сан и возведен на кафедру Архиепископа Сибирского и Тобольского, хотя не искал и не желал этого. Через три года, повинуясь завещанию своего духовного отца и наставника — преп. Германа, который заповедовал ему не покидать монастырь, и своему внутреннему влечению в мирную обитель, святитель Нектарий по собственному прошению был отпущен в Нилову пустынь. «Како мне забыти, — писал он по этому поводу в 1639 году к одному из сановников Царя Михаила Феодоровича, — труды и раны, и глад, и жажду, и наготу, и босоту? И до смерти мне надобно помнить: какова милость Божия надо мною грешным была в Пустыни, и что мы кушали: вместо хлеба траву папорть и кислицу, ухлевник и дягиль, и дубовые желуди, и дятлевину, и с древес сосновых кору отымали и сушили и, с рыбою смешав, вместе истолкши, а гладом не уморил нас Бог?» Возвратившись обратно, святитель Нектарий через некоторое время опять принял монастырь в свое управление. После этого внимание царственных особ, государственных сановников и разных благотворителей к Ниловой пустыни усугубилось.

При таких благоприятных условиях святитель постепенно построил новые и обновил старые здания монастыря. В 1622 году была возведена вторая деревянная пятиглавая церковь Покрова Пресвятой Богородицы. А вместо сгоревшей церкви Богоявления Господня построена около 1635 года новая, на месте часовни, что над гробницей преподобного Нила. Святитель устроил больничные и гостиные кельи, обнес монастырь оградой, а над воротами поставил новую восьмистенную колокольню, на которой были установлены часы с боем.