Основные события истории монастыря
1528 год — приход прп. Нила на остров Столобный
1555 год — преставление прп. Нила
1560 год — возведение первой часовни на месте подвигов прп. Нила
1594 год — возведение первого деревянного Богоявленского храма на острове Столобный
1594 год — благословение свт. Иова на основание монастыря Нилова пустынь
1595 год — написание первого иконописного образа прп. Нила Столобенского
1598 год — составление жития прп. Нила Столобенского
1610 год — разорение обители при литовском нашествии
1620 год — возведение в сан игумена настоятеля обители монаха Нектария
1622 год — начало строительства храма Покрова Пресвятой Богородицы
1635 год — постройка нового деревянного Богоявленского храма на месте сгоревшего первого
1636 год — хиротония игумена Нектария в сан архиепископа Сибирского и Тобольского
1665 год — пожар в монастыре уничтожает все строения обители
1667 год — преставление игумена обители архиепископа Нектария
1667 год — обретение святых мощей прп. Нила Столобенского
1669 год — возведение первых каменных строений на острове
1671 год — освящение первого каменного Богоявленского собора
1671 год — перенесение мощей прп. Нила в Богоявленский собор
1700 год — возведение храма прп. Нила (позднее храма Всех Святых)
1755 год — возведение надвратного храма прп. Нила Столобенского
1756 год — общецерковное прославление прп. Нила Столобенского
1764 год — возведение надвратного храма свв. апп. Петра и Павала
1781 год — возведение храма св. Иоанна Предтечи
1788 год — возведение Крестовоздвиженского храма
1820 год — посещение обители Императором Александром I
1833 год — возведение нового каменного Богоявленского собора
1838 год — реконструкция строений соборного двора
1851 год —сооружение гранитной набережной вокруг острова Столобный
1919 год — кощунственное вскрытие мощей прп. Нила Столобенского
1928 год — последнее богослужение и закрытие монастыря
1928 год — на территории монастыря организована колония для несовершеннолетних
1939 год — на территории монастыря организован лагерь для польских военнопленных
1941 год — на территории монастыря организован военный госпиталь 3-ей ударной армии
1945 год — на территории монастыря организована колония для несовершеннолетних
1960 год — на территории монастыря организован дом престарелых
1971 год — в уцелевших монастырских зданиях открыта турбаза «Рассвет»
1990 год — решением Совета министров РСФСР комплекс Нило-Столобенской пустыни передан в пользование Русской Православной Церкви
1991 год — Архиепископ Тверской и Кашинский Виктор совершает первую Литургию в Благовещенском пределе Богоявленского собора обители
1994 год — торжественно отмечается дата 400-летия со дня основания обители
1995 год — торжественное перенесение святых мощей прп. Нила Столобенского из Осташкова в Нило-Столобенскую пустынь с благословения Патриархи Алексия II
2000 год —прославление в лике новомучеников российских пострижеников Нило-Столобенской пустыни: прпмч. Виталия, Дионисия, Павла, Сергия и Владимира
2003 год — обретение мощей свт. Нектария, архиепископа Сибирского и Тобольского, игумена Столобенского
2005 год — торжественное празднование 450-летия преставления прп. Нила Столобенского
2010 год — преставление первого наместника по возрождению обители архим. Вассиана (Шуста)
2017 год — торжественное празднование 350-летия обретения мощей прп. Нила и 25-летие возрождения монастыря